En el año 2001, con un equipo de jugadores en su mayoría de la zona y bajo la dirección técnica del exjugador antofagastino y técnico Luis Marcoleta, Antofagasta juega uno de sus mejores torneos en la serie, peleando los primeros lugares con Deportes Temuco y Cobresal. En 1991, es contratado Andrija Perčić como Director Técnico, quién dirigió a los pumas hasta 1995. Para muchos hinchas y medios de comunicación, la Era Percic es considerada una de las más exitosas en la historia del club en Primera División, contando además con futbolistas de la talla de Marco Antonio Cornez, Jorge Pautasso, Pedro Reyes, Remigio Fernández, Mario Cruz, Mario Véner, Florencio Villalba, Rubén Vallejos, Daniel Fascioli, Gabriel Caballero, Claudio Tello, Sergio Vásquez, Jorge Muñoz, camiseta real madrid entre otros.
